Drugi element v dobrem načrtu zdravljenja kandide so probiotiki . Vsak človek ima približno 0.4kg  bakterij v svojem sistemu . V vsakem trenutku obstaja milijarda bakterij , ki živijo v vašem črevesju , ki so večinoma koristne. Vodenje tega sistema v zdravem ravnovesju podpira tako prebavo in imunski sistem . Zaraščanje kandide vrže sistem iz ravnotežja